I 2007 ble 29 nasjonale laksefjorder opprettet. Disse er ment å gi et utvalg av de viktigste laksebestandene i Norge en særlig beskyttelse, inkl. mot oppdrettsvirksomhet i nærliggende fjord- og kystområder. Effekten av lakselus fra oppdrettsanlegg er vurdert for både sjøørret og utvandrende postsmolt av laks. For sjøørret har vi brukt overvåkingsdata for å sammenholde infestasjonen på ruse- og garnfanget sjøørret med avstand til nærmeste oppdrettsanlegg, og vurdert i hvilken grad sjøørret i de ulike fjordene er influert av oppdrettsanlegg utenfor fjorden. For utvandrende postsmolt laks har vi brukt en koblet hydrodynamisk-biologisk modell for å vurdere driften av lakselus inn i de ulike fjordene, og en nyutviklet smoltmodell for å beregne dødelighet på utvandrende postsmolt laks fra nasjonale laksevassdrag. Ut ifra dette har vi vurdert om de nasjonale laksefjordene har medført et generelt bedre vern av vill laksefisk.