Laga programvare som revolusjonerer havforskinga

C:\Users\a23389\Pictures\StoX\DSC_0019-red.jpg

Forskar Espen Johnsen (t.v.) og senioringeniør Atle Totland er stolte av den gode mottakinga programvara StoX har fått.

Fotograf: Runar Bjørkvik Mæland / Havforskingsinstituttet

Før la forskarane toktdata inn i uoversiktlege rekneark. No får dei hjelp av StoX – ei gratis og open programvare, utvikla ved HI, som no er dokumentert i eit internasjonalt forskingstidsskrift.

StoX er kort sagt eit program der forskarar kan mata inn data frå overvakingstokt, til dømes frå ekkolodd og trålprøvar, og få ut eit anslag over fiskebestandane i andre enden. Dei får også hjelp til å strukturera og analysera dataa sine, og å anslå usikkerheita i estimatet.

Etter at første versjon vart teken i bruk i HI-tokt i 2014, har StoX på kort tid blitt omfamna av det internasjonale havforskingsrådet ICES. I dag er det brukt i tokt både i Nordsjøen, Norskehavet og Barentshavet, og er blitt standardverktøyet for å anslå bestandane i Nordaust-Atlanteren. I tillegg har det vore brukt eller testa på alle kontinent – snart inkludert Antarktis.

Nyleg vart programvara presentert for forskarverda i det anerkjente fagtidsskriftet Methods in Ecology and Evolution. I artikkelen forklarar utviklarane dei viktigaste ideane bak StoX:

  • Det dokumenterer kva forskarane har gjort, slik at toktestimata kan etterprøvast.
  • Det er fleksibelt, og kan tilpassast ulike metodar og område.
  • Det har open kjeldekode, og kan lastast ned gratis frå nettet.

Portrett av forskar Cecilie Kvamme.
Forskar Cecilie Kvamme. Foto: Runar Bjørkvik Mæland / Havforskingsinstituttet

Stor overgang

Cecilie Kvamme er ein av HI-forskarane som har fått praktisk erfaring med StoX dei siste åra, i samband med forskingstokt i Nordsjøen. Ho fortel om ein stor overgang frå å føra data frå forskingstokt inn i store Excel-ark til å ta i bruk den nye programvara – ikkje minst når det gjeld kommunikasjonen mellom forskarar.

– Vi er fem nasjonar som deltar i toktet, og møtest for å setja saman dataa våre i ettertid. Når alle har tatt i bruk StoX, er det enkelt å legge inn alt vi har av rådata der og vurdere i fellesskap kva som skal vere med i bestandsestimatet, seier Kvamme.

StoX dokumenterer alle vala ein tar undervegs, slik at det går an å ta det opp igjen seinare og gjera ting om igjen. Det var ikkje like lett då alt vart lagt inn i Excel.

– Då måtte ein nesten ha vore inni hovudet på dei som sat og la inn tala.

Held brukarane i handa

Å gjera det lett for forskarane å utarbeida og etterprøva toktestimat har vore eit viktig mål i utviklinga av StoX, forklarer forskar Espen Johnsen, som har leia prosjektet dei siste åra.

– Vi har laga ein arbeidsflyt som held brukarane i handa steg for steg, og bevarer alle stega for ettertida. «Oppskrifta» blir lagra som ei fil i StoX, og kan enkelt hentast ut av andre, seier Johnsen.

StoX er ein sentral del av arbeidet som har blitt gjort i det store HI-prosjektet Sea2Data, der målet har vore å kvalitetssikra og dokumentera flyten av data frå innsamling på havet til ferdig toktestimat.


Foto: Runar Bjørkvik Mæland / Havforskingsinstituttet

Ingen løyndomar

Senioringeniør Atle Totland er ein av dei som har følgt utviklinga av StoX frå den spede starten for ti år sidan til i dag. Han meiner StoX sikrar ei openheit om korleis havforskarane kjem fram til estimata sine som ikkje har vore der før.

– Viss eg er ansvarleg for eit tokt og bereknar eit toktestimat, sikrar programvara at det er synleg kva eg har gjort for å koma fram til estimatet. Det er ingen løyndomar. Viss eg har gjort val som ikkje er optimale, så kan kven som helst gå inn og sjå det, seier Totland.

Heile utviklinga har skjedd lokalt ved HI, men støtte og innspel utanfrå har vore avgjerande for å få prosjektet i hamn – ikkje minst frå det internasjonale miljøet i ICES. Dei har no tilpassa si datainnsamling til StoX, og blant anna oppretta ein felles database der alle land rapporterer sine data etter ein felles mal.

Fagleg anerkjenning

Atle Totland og Espen Johnsen er saman med fem andre kollegaer medforfattarar av artikkelen i Methods in Ecology and Evolution. Den er publisert med fri tilgang, slik at kven som helst kan gå inn og lesa.

Forfattarane håpar det bidrar til at endå fleire vil ta StoX i bruk og vera med og utvikla programvara vidare.

– Vi har vore gjennom ei fagleg evaluering som viser at arbeidet er av høg kvalitet, og dei syntest at det var verdt å bruka tidsskriftet sin plass og prestisje på prosjektet vårt. Det er vi veldig stolte av, seier Espen Johnsen.

Referanse

Espen Johnsen, Atle Totland, Åsmund Skålevik, Arne Johannes Holmin, Gjert Endre Dingsør, Edvin Fuglebakk, Nils Olav Handegard (2019): «StoX: An open source software for marine survey analyses.» Methods in Ecology and Evolution, 9/10, s. 1377-1628. DOI: 10.1111/2041-210X.13250